K národním parkům Seychel patří: atol Aldabra, ostrovy Aride, Cousin a Curieuse, Morne Seychellois na Mahé a Májové údolí (Valée de Mai) na Praslinu. Kromě údržby cest je v údolí každý zásah do přírody zakázaný.
Přírodně chráněné jsou i některé oblasti okolních moří. Aby zůstala alespoň částečně zachována jedinečná podvodní říše, nesmí se tu třeba zakotvit.

Obzvlášť zajímavé jsou 2 mořské národní parky.
Park Baie Ternay, který se rozprostírá na ploše 80 ha u západního pobřeží Mahé. Korálový útes se pomalu regeneruje, jelikož ho poškodili potápěči. Za zmínku stojí různé druhy mořských trav nebo tření mořských želv.
Park Curieuse Nationpark se rozkládá na ploše 1470 ha u ostrova Praslin. Z větší části ho tvoří pevnina, z menší pak moře. K parku patří ostrov Curieuse a kanál, který spojuje moře s pláží Anse Boudin. Velkým pokladem jsou mangrovy a divoce rostoucí palmy coco de mer.