Kromě letadel se můžete mezi jednotlivými seychelskými ostrovy přepravovat také lodními trajekty. Doprava trajektem funguje například mezi ostrovy Mahé a La Digue. Jízdenku si můžete rezervovat u místní cestovní agentury nebo zakoupit přímo v přístavu.
Trajekt jezdí rovněž mezi ostrovy La Digue a Praslin. Loď jezdí několikrát denně, jízdní řád dostanete v informačních centrech na všech vnitřních ostrovech.

Na ostrov La Digue se mnohem levněji můžete dostat i nákladní lodí. Musíte však počítat s tím, že v porovnání s trajektem trvá cesta nákladní lodí dvakrát tak dlouho. Pokud vás toto dobrodružství zajímá, měli byste být v přístavu mezi 10.00 a 10.30. V tu dobu zpravidla uvidíte, kde se připravuje na vyplutí některá z nákladních lodí. Zajděte za posádkou a klidně se zeptejte, jestli by vás vzali na palubu. Pokud budou mít volné místo, určitě vás vezmou. Nákladní lodě obvykle cestující nevozí, proto je šance, že vás na palubu vezmou, opravdu vysoká.